| 名称 | 樹種 | 所在地 |
|---|---|---|
| 上津灰のミズメ | ミズメ | 京都府綾部市 |
| 頭巾山のブナ林 | ぶな | 京都府綾部市故屋岡町 |
| 光明寺の大栃 光明寺の「幻の大トチ」 | とち | 京都府綾部市五津合町大ヒシロ |
| 三室戸寺のアジサイ | アジサイ | 京都府宇治市 |
| 東笠取の「カヤ」 | かや | 京都府宇治市東笠取稲出 |
| 許波多神社のむく | むく | 京都府宇治市木幡 |
| 才の神のフジ、南有路の「才ノ神のフジ」 | ふじ | 京都府加佐郡大江町字南有路小字福料寺 |
| 国分寺の「乳イチョウ」 | いちょう | 京都府亀岡市千歳町国分桜久保 |
| 與能神社の「社叢林」 | しゃそう | 京都府亀岡市曽我部町寺蛇谷 |
| さぐりじんじゃの「クスノキ」 | くす | 京都府久世郡久御山町大字佐山小字双栗 |
| 成相（なりあい）寺の逆スギ | すぎ | 京都府宮津市字成相寺小字白山後奥切 |
| 成相寺のタブノキ | たぶ | 京都府宮津市成相寺 |
| 咋岡（くいおか）神社のスダジイ | しい | 京都府京田辺市飯岡東原 |
| 大徳寺のいぶき | いぶき | 京都市 |
| 東福寺のいぶき | いぶき | 京都市 |
| 大悲山の三本杉 | スギ | 京都市 |
| 本能寺の火伏いちょう | いちょう | 京都市 寺町御池 |
| 善峰寺の遊竜松 （ゆうりょうのまつ） | まつ | 京都市右京区大原野小塩町 |
| 若一神社のくす (にゃくいちじんじゃ) | くす | 京都市下京区西大路８条 |
| 西本願寺の逆さイチョウ | いちょう | 京都市下京区堀川通 |
| 伊藤仁斎遺愛の松 | まつ | 京都市下京区堀川通下立売上ル東側 |
| 天然伏条台杉 | すぎ | 京都市左京区 |
| 法然院の三銘椿 | つばき | 京都市左京区 |
| 鞍馬の魔王杉 | すぎ | 京都市左京区 鞍馬山 |
| 貴船神社のカツラ | カツラ | 京都市左京区鞍馬貴船町 貴船神社 |
| 鞍馬、大杉権現のスギ | すぎ | 京都市左京区鞍馬本町 |
| 由岐神社のスギ及びカゴノキ | スギ カゴノキ | 京都市左京区鞍馬本町由岐神社 |
| 花背の三本杉/峰定寺の「花背の三本スギ」 | すぎ | 京都市左京区花背原地町 |
| 霊鑑寺の日光椿 | つばき | 京都市左京区鹿ヶ谷御所ノ段町 霊鑑寺 |
| 阿弥陀寺の「古知谷のカエデ」 | かえで | 京都市左京区大原古知平町 |
| 清水谷家の椋 | むく | 京都市上京区、 |
| 京都御苑 宗像神社のクス | くす | 京都市上京区、 |
| 御所のエノキ | えのき | 京都市上京区、 |
| 蛤御門内のムク | むく | 京都市上京区、 |
| 近衛邸址の糸桜 | さくら | 京都市上京区、 |
| 遊龍松 | まつ | 京都市西京区大原野小塩町１３７２ |
| 今熊野神社の大樟 | くす | 京都市東山区 |
| 青蓮院の大楠 | くす | 京都市東山区 |
| 青蓮院の「クスノキ」 | くす | 京都市東山区粟田口三条坊町 |
| 円山公園のシダレザクラ | シダレザクラ | 京都市東山区円山町円山公園 |
| 芦生の伏条台杉 | すぎ | 京都市美山町 |
| 藤森神社のアジサイ | アジサイ | 京都市伏見区深草 |
| 金剛王院一言寺のヤマモモ | やまもも | 京都市伏見区醍醐一言寺裏町 |
| 金札宮のクロガネモチ | クロガネモチ | 京都市伏見区鷹匠町 |
| 安楽寿院の碁盤の梅 | うめ | 京都市伏見区竹田内畑町 |
| 臥龍の松 | まつ | 京都市伏見区六地蔵 大善寺 |
| 等持院の有楽椿 | つばき | 京都市北区 等持院 |
| 金閣寺の「イチイガシ」 | かし | 京都市北区金閣寺町 |
| 金閣寺の陸舟の松 | まつ | 京都市北区金閣寺町 |
| 金閣寺の侘助椿 | まつ | 京都市北区金閣寺町 |
| 鹿苑寺（金閣寺）のイチイガシ | かし | 京都市北区金閣寺町 鹿苑寺 |
| 天寧寺のカヤ | カヤ | 京都市北区寺町頭寺町通鞍馬口下ル |
| 総見院の佗助椿/利休椿 | つばき | 京都市北区柴野大徳寺町 |
| 総見院のワビスケ | ワビスケ | 京都市北区柴野大徳寺町 総見院 |
| 大田ノ沢のカキツバタ群落 | カキツバタ | 京都市北区上賀茂本山町 大田神社 |
| 三千院のアジサイ | アジサイ | 京都府京都府 |
| 頼光塚のむく | むく | 京都府京都府 |
| 祇園白川のアジサイ | あじさい | 京都府京都府 |
| 左近の桜 | さくら | 京都府京都府 |
| 青谷の梅 | うめ | 京都府城陽市 |
| 寺田小学校の「クヌギ」 | くぬぎ | 京都府城陽市寺田北山田 |
| 朝倉神社の「千妻の大スギ」 | すぎ | 京都府船井郡園部町千妻岡崎 |
| 朝倉神社の大スギ | すぎ | 京都府船井郡園部町千妻岡崎、 |
| 質美八幡宮の「スギヒノキ並木」 | すぎ/ひのき | 京都府船井郡瑞穂町字質美小字庄和ノ上 |
| 須知の「源水の大スギ」 | すぎ | 京都府船井郡丹波町字須知小字清水 |
| 九手神社のアラカシ | かし | 京都府船井郡丹波町字豊田小字九手 |
| 笛吹神社の「スギ」 | すぎ | 京都府船井郡日吉町字木住小字宮ノ平 |
| 日吉神社の「タネスギ」 | すぎ | 京都府船井郡八木町大字神吉小字西河原 |
| 八木の「黒住の大ケヤキ」 | けやき | 京都府船井郡八木町大字八木小字鹿の草 |
| 仏主の「６種の木が宿るカツラ（七色の木）」 | かつら | 京都府船井郡和知町字仏主小字本谷 |
| 七色の木 仏主の「６種の木が宿るカツラ」 | カツラ、スギ、カヤ、ケヤキ、イロハモミジ、イタヤカエデ、フジ | 京都府船井郡和知町仏主小字本谷 |
| 岩船寺のあじさい | アジサイ | 京都府相楽郡加茂町 |
| 海住山寺の「ヤマモモ」 | やまもも | 京都府相楽郡加茂町大字例幣小字海住山 |
| 当尾柿 | かき | 京都府相楽郡加茂町当尾 |
| 来迎寺の「クスノキ」 | くす | 京都府相楽郡精華町大字植田小字南六ノ坪 |
| 不成柿(ならずのかき) | かき | 京都府相楽郡木津町 重衡団地 |
| 相楽神社の「ケヤキ」 | けやき | 京都府相楽郡木津町大字相楽小字清水 |
| 八坂神社の大杉 | スギ | 京都府相楽郡和束町中字菅谷八坂神社 |
| 萬福寺の「文殊のマツ」 | まつ | 京都府竹野郡丹後町袖志無番地 |
| 木橋のスダジイ（荒神さん） | しい | 京都府竹野郡弥栄町字木橋小字谷奥 |
| 五十河の「内山ブナ林 | ブナ | 京都府中郡大宮町字五十河小字内山 |
| 縁城寺の「シイ林」 | しい | 京都府中郡峰山町字橋木 |
| 長岡天満宮のつつじ | つつじ | 京都府長岡京市 |
| 粟生光明寺のいぶき | いぶき | 京都府長岡京市 |
| 光明寺の「ビャクシン」 | びゃくしん | 京都府長岡京市粟生西条内 |
| 乙訓寺のぼたん | ぼたん | 京都府長岡京市今里 |
| 宇治田原のカキ | かき | 京都府綴喜郡 |
| 地蔵院のシダレザクラ | さくら | 京都府綴喜郡井手町 |
| 木津川堤防沿の「国道のエノキ」 | えのき | 京都府綴喜郡井手町大字井手小字川久保 |
| 禅定寺の「常緑落葉広葉樹混交林」 | 混交林 | 京都府綴喜郡宇治田原町大字禅定寺 |
| 一休寺の三本杉 | すぎ | 京都府綴喜郡田辺町 一休寺 |
| 鉾立の松 | まつ | 京都府綴喜郡田辺町小字北鉾立 |
| 轟水満宮の「モミ」 | もみ | 京都府天田郡三和町字菟原下小字深山 |
| 大歳神社のイチョウ | いちょう | 京都府天田郡夜久野町字千原小字中ノ森 |
| 石清水八幡宮御文庫のクスノキ及び神楽殿のクスノキ | くす | 京都府八幡市八幡高坊 |
| 石清水八幡宮の「クスノキ林」 | くす | 京都府八幡市八幡高坊 |
| 石清水八幡宮の「タブノキ」 | たぶ | 京都府八幡市八幡高坊 |
| 瑠璃寺のシダレザクラ | さくら | 京都府舞鶴市字吉田、 |
| 金剛院の「千年ガヤ」 | かや | 京都府舞鶴市字鹿原 |
| 長安寺の薬師如来御霊木（授乳のイチョウ） | いちょう | 京都府福知山市字奥野部 |
| 常照皇寺の九重桜 | シダレザクラ | 京都府北桑田郡京北町井戸字丸山常照皇寺 |
| 白山神社の「ツクバネガシ」 | かし | 京都府北桑田郡京北町田貴字宮ノ後１２－４ |
| 大原神社のケヤキ | けやき | 京都府北桑田郡美山町大字樫原小字中野田 |
| 青島の「シイ林」 | しい | 京都府与謝郡伊根町字亀嶋小字青島 |
| 滝の「千年ツバキ」 | つばき | 京都府与謝郡加悦町字滝小字深山 |
| 滝のツバキ/加悦町のつばき/滝の千年ツバキ | つばき | 京都府与謝郡加悦町字滝小字深山 |
| 権現山の「大シイ」 | しい | 京都府与謝郡岩滝町字弓木 |
| 神宮寺のコウヤマキ | こうやまき | 京都府与謝郡野田川町字石川小字姫路谷 |
